Tiếp nối thành công bước đầu của giai đoạn đầu (1990-1995), các chuyên gia thám hiểm hang động người Anh đã trở lại Quảng Bình vào các năm 1997 và 1999. Trong giai đoạn này, đội ngũ bắt đầu tiếp cận những khu vực hẻo lánh hơn của khối đá vôi Phong Nha - Kẻ Bàng, mở ra những hiểu biết mới về hệ thống hang động tại đây.
Chuyến thám hiểm năm 1997 bao gồm tám chuyên gia hang động và ba chuyên gia địa chất Việt Nam. Thành tựu then chốt là việc khảo sát vùng thượng lưu của Hệ thống Hang Vòm và các điểm thu nước chính của Hệ thống Động Phong Nha. Tổng chiều dài hang động được khám phá trong chuyến thám hiểm là 20.483m.
Các hang được khám phá:
Hang Hổ: Đội thám hiểm đã khảo sát được 1.616m chiều dài hang. Đặc trưng của Hang Hổ là những hành lang khổng lồ rải đầy đá tảng và các cấu tạo nhũ viền khổng lồ xếp lớp cạnh một cửa ra cực lớn. Hang cũng bao gồm một đoạn nước sâu bắt buộc phải bơi qua.
Hang Over: Đoàn thám hiểm đã khảo sát 3.244m tại đây. Hang Over nổi tiếng với những hành lang đồ sộ và các cấu tạo thạch nhũ độc đáo.
Hang Pygmy: Với 845m được ghi nhận trong chuyến thám hiểm này, Hang Pygmy sở hữu một cửa hang khổng lồ, là minh chứng cho quy mô kỳ vĩ của các hang động nằm trong vùng lõi.
Hang Khe Ry: Đây là phát hiện đáng chú ý nhất năm 1997. Đội ngũ đã nghiên cứu các điểm thu nước (river sinks) chính của Hệ thống Phong Nha, bao gồm Khe Thy, Khe Ry và Khe Triêng. Hang Khe Ry ban đầu được khám phá với chiều dài 13.817m vào năm 1997, ngay lập tức trở thành hang sông dài nhất thế giới và hang dài nhất Việt Nam tại thời điểm đó.
Năm 1999, đội ngũ gồm chín chuyên gia hang động và hai nhà địa chất đã dành một thời gian ngắn tại Quảng Bình trước khi di chuyển để khám phá các hang động chủ yếu ở Cao Bằng và Lạng Sơn. Công việc chính của họ tại Quảng Bình năm này là thám hiểm Hang Khe Ry. Hang động này tiếp tục được ghi nhận là hang dài nhất Việt Nam thời bấy giờ với chiều dài 18.902m.
Thành tựu chính
Hang Khe Ry: Đội ngũ đã tiến hành cắm trại trong lòng hang suốt năm ngày liên tục. Họ đã mở rộng thêm 5km chiều dài hang, nâng tổng chiều dài lên 18.902m, xác lập kỷ lục hang dài nhất Việt Nam và có khả năng là hang sông đơn lẻ dài nhất thế giới có thể di chuyển xuyên suốt dưới lòng đất. Hang có lối ra nằm tại một thung lũng kín, nơi hợp lưu với dòng nước từ Hang Én. Ở phía hạ lưu, cả hai dòng nước này chảy vào một hố sụt bị chặn bởi cây cối và đá tảng. 10 năm sau, người ta mới phát hiện ra rằng đây chính là nguồn nước chảy vào Hang Sơn Đoòng - hang động lớn nhất thế giới.
Trước năm 1990, Phong Nha là một ngôi làng hẻo lánh nằm dọc theo bờ sông Son, gần như tách biệt hoàn toàn với thế giới bên ngoài.
Sau vài năm gián đoạn do đại dịch, đoàn thám hiểm hang động Anh đã trở lại vào năm 2023 và 2024 để tiếp tục công cuộc khám phá tại Quảng Bình.
Giai đoạn từ năm 2016 đến năm 2020 đánh dấu cột mốc 30 năm các chuyến thám hiểm hang động của Anh Quốc tại Việt Nam, mở rộng phạm vi để tiến vào những vùng địa hình karst hiểm trở tại các huyện Quảng Ninh và Minh Hóa.
Từ năm 2006 đến năm 2010, một chuỗi các cuộc thám hiểm đã đưa Khối núi Kẻ Bàng trở thành một địa danh thám hiểm hang động tầm cỡ thế giới
Từ năm 1990, đoàn thám hiểm hang động Hoàng Gia Anh do Howard Limbert dẫn đầu và Đại học Hà Nội đã bắt đầu kế hoạch thám hiểm hang động Quảng Bình.
Đến cuối năm 2001, hệ thống Phong Nha đã đạt tổng chiều dài 44,5km, củng cố vững chắc vị thế là hệ thống hang động dài nhất Việt Nam tại thời điểm đó.
Giai đoạn từ năm 2011 đến 2015 đánh dấu một thời kỳ thám hiểm cường độ cao của các nhà thám hiểm hang động Anh Quốc tại Quảng Bình.